Фильм начинается с концовки предыдущей части, где Томас и другие выжившие глейдеры спасаются из лабиринта при помощи неизвестных вооружённых людей во главе с неким Дженсоном. Те, оказавшиеся оперативниками корпорации "П.О.Р.О.К.", доставляют подростков в хорошо защищённую базу посреди "жаровни" — территории Земли, наиболее пострадавшей от солнечной вспышки. На базе они узнают, что их лабиринт был не единственным полигоном для испытания подопытных — были спасены подростки и из других регионов. Раз в сутки несколько подростков отбирают и уводят охранники для, якобы, "переселения в новый дом".

Терезу из-за плохого самочувствия забирают в медблок, когда как Томас знакомится на базе с Эрисом — молчаливым парнем, единственным оставшимся из своей группы. Эрис делится с Томасом своими опасениями, так как после "переселения" никто из ушедших подростков так и не вернулся, а охранники не дают пройти к ним чтобы хотя бы попрощаться. Во время очередного переселения Томас пытается тайком пройти вместе с отобранными подопытными, но его останавливают охранники. Завязывается конфликт, во время которой Томас успевает стащить у одного из охранников электронный ключ.