Действие фильма происходит на территории разваливающейся на две части Римской Империи в городе Александрия Египетская в конце IV — начале V века нашей эры.

IV век — век победы христианства в Римской Империи, в течение этого столетия христиане из угнетаемого религиозного меньшинства превратились в мощную государственную организацию, диктующую свою волю правителям распадающейся империи.

На фоне происходящих исторических событий фильм рассказывает о судьбе Гипатии Александрийской — первой в истории известной женщине-учёном, которая была философом, математиком и астрономом. Она была очень умна и известна, к её словам прислушивались правители.

391 год. К преуспевшей в науках Гипатии стекаются желающие послушать её лекции. Среди её учеников — юные язычник Орест и христианин Синезий. Прислуживает Гипатии её юный семейный раб Давус, тайно влюблённый в неё и тайно, вопреки воле хозяев, принявший христианство.

В этом же году в Александрии на Агоре начинаются межрелигиозные столкновения, подстрекаемые предводителем параволанов Аммонием, александрийским епископом Феофилом и, с другой стороны, жрецами языческого божества Сераписа. В результате столкновений с язычниками, христиане одерживают верх, ими уничтожен храм Серапеум и разграблено отделение Александрийской библиотеки — одной из богатейших в мире библиотек того времени. Раб Гипатии — Давус присоединяется к погромщикам-параволанам и пытается изнасиловать свою хозяйку, но всё же не решается опошлить свою любовь. После этого Гипатия освобождает и отпускает его.

412 год. Христианская церковь приобретает всё большую власть. В Александрии умирает епископ Феофил и его преемником становится его племянник Кирилл. Бывшие ученики Гипатии также становятся влиятельными людьми — Орест назначен представителем императорской власти, префектом города Александрия, а Синезий избран епископом Птолемаидским.

414 год. В Александрии снова вспыхивают религиозные волнения. На этот раз происходит конфликт христиан с иудеями. После взаимных погромов новый епископ Александрии Кирилл призывает христиан окончательно разобраться с еврейской общиной. В результате резни часть евреев уничтожается, а остальные изгоняются из города.

415 год. Префект Александрии Орест слишком много внимания уделяет своей бывшей учительнице Гипатии, не желающей признать верховенство христианства и отречься от своих «колдовских» наук. Это вызывает всё большее недовольство власти религиозной. Христианская власть империи в это время полностью подчиняет себе власть светскую и военную. Епископ Александрии Кирилл требует, чтобы Орест и другие отреклись от Гипатии, а ей самой запретили преподавать и заниматься науками. Бывший ученик Гипатии епископ Синезий, желая спасти её от расправы, уговаривает её отказаться от наук. Но Гипатия отказывается смириться с этим и принять христианство, поэтому параволаны объявляют её «ведьмой» и «проституткой» и тайно решают жестоко убить, побив камнями.

Но в начале расправы, бывший раб Гипатии — параволан Давус, оставшись с ней наедине и помня свою любовь к ней, из жалости и сострадания удушает её и этим спасает от последующих мучений. Параволаны, думая, что Гипатия упала в обморок, побивают камнями её мёртвое тело.